CLIMA:
San Juan de Flores posee un clima cálido, predominando como en todo el territorio nacional las estaciones invierno y verano, las cuales favorecen los cultivos de caña de azúcar, hortalizas, granos básicos entre otras.
PRECIPITACIÓN PLUVIAL
La precipitación promedio del municipio durante el año es de 1,000 milímetros de lluvia con una temperatura de 35 grados centígrados
FLORA Y FAUNA
El municipio tiene una diversidad de animales exóticos y un bosque latífoliado en donde predominan árboles de pino, roble, encino, liquidámbar, plantas medicínales y ornamentales entre otras.
TOPOGRAFIA DEL MUNICIPIO
La topografía del municipio es en un 70% irregular y un 30% regular, ya que esta formado por cerros entre los cuales se distinguen grandes picachos que en el futuro, pueden ser acondicionados como bellos miradores con la debida atención para no romper el habitad ecológico. Los suelos que presentan el municipio son variados, predominando más el arcilloso, propio para el cultivo de granos básicos y caña de azúcar, también es frecuente encontrar suelos franco arenosos.
En los alrededores y zonas altas predominan los suelo de vocación forestal, no obstante los productores de la zona cultivan hortalizas, café y granos básicos en menor escala. En cambio en las zonas bajas se cultiva la caña de azúcar para fines industriales hay otros suelos que son infértiles en su totalidad y muy poco o nada es el rendimiento para la agricultura, en el municipio de San Juan de Flores se encuentran las montañas de palo alto, ariza, cerro de piedra y la cantera, y en gran parte de su territorio se encuentra la muy conocida montaña de la Reserva Biológica el Chile.
HIDROGRAFIA
Debido a su ubicación geográfica y sus características topográficas, San Juan de Flores posee corrientes de aguas superficiales, esta drenado por ríos, quebradas y abundantes lagunas o estanques naturales, también existen varias lagunas y canales de irrigación para fines agrícolas localizados en el Ingenio Azucarero Tres Valles , Los Laureles , aldea de Cofradía, Sicaguará y las Lomas.
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